L’équipe de la Maison Médicale fonctionne en auto-gestion et nonen hiérarchie. C’est-à-dire que chaque travailleur est invité à s’impliquer dans la politique de l’asbl (via l’assemblée générale) et dans la gestion courante de celle-ci(via le conseil d’administration). Les membres du conseil d’administration sont élus par et parmi les membres de l’assemblée générale pour une période de deux renouvelable maximum quatre fois. Celui-ci, en étroite collaboration avec le coordinateur, se charge de la gestion courante de l’asbl.